De sets oogbewegingen, geluidstikken of handentaps zullen er langzamerhand toe leiden dat de herinnering haar kracht en emotionele lading verliest. Het wordt dus steeds gemakkelijker aan de oorspronkelijke gebeurtenis terug te denken. In veel gevallen veranderen ook de herinneringsbeelden zelf en worden ze bijvoorbeeld waziger of kleiner. Maar het kan ook zijn dat minder onprettige aspecten van dezelfde situatie naar voren komen. Een andere mogelijkheid is dat er spontaan nieuwe gedachten of inzichten ontstaan die een andere, minder bedreigende, betekenis aan de gebeurtenis geven. Deze effecten dragen ertoe bij dat de schokkende ervaring steeds meer een plek krijgt in de levensgeschiedenis van de persoon.
Bij fobieën en angstklachten zal de angst in de betreffende situaties verminderen en zal men die situaties beter aankunnen.
Na afloop van een EMDR therapie kunnen de effecten nog even doorwerken. Dat is natuurlijk goed. Toch kan dit in sommige gevallen de cliënt het idee geven even de regie kwijt te zijn. Bijvoorbeeld als er nieuwe beelden of gevoelens naar boven komen. Vaak is het dan een geruststelling om te weten dat dit in de regel niet langer dan drie dagen aanhoudt. Daarna is er als het ware een nieuw evenwicht ontstaan. Het is aan te bevelen een dagboekje bij te houden en op te schrijven wat er naar boven komt. Deze dingen kunnen dan in de volgende zitting aan de orde komen.